Довольно сложной и напряженной оказалась борьба в Томске в 1648-1650 гг. Это выступление вошло в серию городских восстаний середины XVII в. и получило подробное освещение в исторической литературе. Неурожаи 40-х годов, служба с пашни, недосылка жалованья усугубляли положение служилых людей. Кроме того, феодальные порядки позволяли воеводам на месте постоянно чинить произвол. Нечистым на руку оказался князь О.И. Щербатый, который управлял городом и разрядом с 1646 г. Список его злоупотреблений был большим: ввел новые налоги, "опозорил многих жён и дочерей", устраивал пьяные оргии, монополизировал торговлю лошадьми с калмыками, закупленных лошадей отправлял на "Русь", отбирал у служилых людей рыбные места и звериные промыслы. По свидетельству его помощника, он прибыл в Томск на одном дощанике, а отбыл на 9, увозя 42 лошади. Его люди торговали во многих районах Сибири. Злоупотребления воеводы касались всех сторон жизни гулящих, ясачных, посадских и служилых людей, крестьян и даже местной администрации. Особенно тяжело было служилым людям, в счет жалованья которых был произведен ремонт городовых строений, что привело к столкновению воеводы Щербатого со своим помощником И. Бунаковым. Служилые люди потребовали восстановить справедливость, выдать им все жалованье и впредь отличать от тяглых людей, а воеводу и его сподвижников посадить в тюрьму. Свои требования предъявили служилые татары и ясачные люди (не хотели платить ясак за умерших, старых и увечных). Жена и сын Щербатого обвинялись в грабеже коренных жителей. Недовольство проявило большинство горожан. Из-за действий воеводы и его приближенных была нарушена вся жизнь города. Произвол и грабеж коснулись многих жителей города и уезда, которые были едины в том, чтобы поскорее отстранить О. Щербатого от должности, для чего отправили в 1647 г. в Москву две челобитные. Уже в начале 1648 г. были случаи открытого неповиновения, особенно в период конфликта Щербатого и Бунакова, а в феврале возбужденные горожане собрались для выработки плана побега из города.
В условиях всеобщего негодования И. Бунаков со служилыми людьми попытался захватить власть в свои руки, им всячески способствовал дьяк Б. Патрикеев, который, как и воеводы, был нечист на руку. Большое возмущение против Щербатого вызвала попытка отправить в Красноярск в ответ на просьбу местного воеводы 200 служилых людей. В апреле сторонники Щербатого, видя растущий накал страстей, арестовали одного из активных участников борьбы Г. Плещеева-Подреза и заключили в тюрьму. Но антивоеводские выступления не прекратились. Кроме того, Плещеев-Подрез объявил "слово и дело государево", призывая усилить борьбу. События приняли довольно острый характер. Восставшие разгромили дворы верхушки служилых людей, которая осталась при Щербатом, их самих крепко избив. При этом выяснилось, что многие из них владели имуществом стоимостью до 250 руб., а у конного казака Василия Балахнина обнаружилось около 300 руб. На стороне восставших было около 300 человек. 12 апреля воевода Щербатый был отстранен от дел и попал в изоляцию, а сторонники его оказались в тюрьме.
Восставшие не позволили Щербатому связаться с Москвой и пресекли всякие побеги горожан, а Бунаков начал вершить воеводские дела самостоятельно. В связи с этими событиями сложилось впечатление, что в городе появилась новая власть. Восставшие подготовили еще одну челобитную, в Москву, изложив в ней свои беды, и поручили доставить ее 40 казакам во главе с Иваном Владимирцом, активным участником борьбы 1637, 1638 гг. Бунаков в первую очередь попытался удовлетворить требования служилых людей, но вскоре сам и его помощники показали себя не лучше группы Щербатого. К середине мая бунаковцы основательно разоблачили себя, это вынудило большинство восставших отойти от них. Бунаков истолковал это как заговор и начал расправу с инакомыслящими. 21 мая между сторонниками Бунакова и Щербатова произошли кровавые столкновения. В конце мая, видимо, насильственно был умерщвлен дьяк Патрикеев, ярый сторонник Бунакова.
Из города участились побеги жителей. В такой сложной ситуации бунаковцы стремились подавить восстание, а щербатовцы вернуть упущенную власть, В июне Щербатый составил донесение в Тобольск и Москву, но его гонцы были задержаны "остяками". В июле произошли новые столкновения противников. 4 августа Щербатый попытался вырваться из Томска на дощанике, но восставшие задержали его и отобрали имущество.
Постепенно среди восставших начались распри. Часть из них попыталась увлечь за собой коренное население и жителей Кузнецка, чего боялись сторонники Бунакова. Народное движение стало развиваться так, как не хотели бунаковцы. С прибытием в Томск нового дьяка Михаила Ключарева на место умершего Патрикеева развернулась его деятельность по. примирению враждовавших воевод. Ключареву удалось склонить на свою сторону часть служилых людей. К концу окября Бунаков заставил горожан подписать присягу, при этом заверил царя в верноподданических чувствах.
В декабре жители Томска узнали о восстании в Москве. Принятие соборного уложения 1649 г. и прибытие новых воевод погасили пламя восстания. Участники его вместе с Бунаковым были наказаны кнутом и сосланы в другие города Сибири.